Южный филиал Федерального государственного учреждения «Всероссийский центр карантина растений», создан приказом Федерального государственного учреждения «Всероссийский центр карантина растений» от 23 августа 2005 года № 60. Приказом Россельхознадзора от 31 мая 2011 № 232 Федеральное государственное учреждение «Всероссийский центр карантина растений): переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Всероссийский центр карантина растений» и утверждена новая редакции Устава Учреждения.
Учредителем Филиала является Федеральное государственное бюджетное учреждение «Всероссийский центр карантина растений». Филиал является обособленным подразделением Учреждения, расположенным вне места его нахождения, осуществляет функции Учреждения, в том числе функции представительства. Филиал не является юридическим лицом и действует в интересах Учреждения на основании Положения о филиале и Устава Учреждения.
Цель – обеспечение экспертной деятельности Федеральной Службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору в сфере карантина растений.